Les opérations spéciales de la Grande Armée avaient pour but d'agir dans les intérêts de la République tout en restant discrètes et sans jamais compromettre cette dernière. Sabotage, protection, assassinat, infiltration, investigation, espionnage… Tout le travail dangereux et pénible qui demandait un niveau très élevé pour être accompli. Pour cela, les Kaminoans créèrent les Commandos Clones. Entraînés pour les opérations spéciales et élevés en escouade de quatre, les Commandos étaient rompus à tous les types de mission et possédaient une personnalité et une indépendance bien plus marquées que les soldats de base.
Au nombre de 5000, les Commandos étaient dirigés par un organisme parallèle à la Grande Armée appelé Brigade des Opérations Spéciales, . C'est cette organisation qui se chargeait de programmer toutes les missions secrètes et de fournir la logistique aux commandos.